La destilería ha comenzado su trabajo en los anos 20 del siglo pasado. El fundador de la destilería fue John Jhonston, familia que desde hace mucho poseía tierras aquí. Sin embargo la producción fue comenzada solo con sus hijos Donald y Alex Jhonston. Desde entonces y hasta hoy día el apellido de Jhonston es llevado en las etiquetas de todas las botellas del whisky Laphroaig. Aproximadamente en el mismo tiempo por (1816) el hermano de John fundo una whisquera local mas – Lagavulin, que entra hoy dentro de las seis malteras "clásicas" de Escocia.

En 1847 Donald Jhonston murió trágicamente, habiendo caído en una de las cubas de producción. Su hijo Dugald, en ese momento solo tenia 11 años Y de los asuntos de la destilería empezó a ocuparse Alejandro Graham, el medio hermano y tutor de Dugald que dirigió también la whisquera Lagavulin. En 1907 Alejandro falleció, y como propietario de Lagavulin quedo la compañía Logan Mackie y Co. La familia Jhonston había renunciado a la continuación del contracto de alquiler de Laphroaig, en resultado que quedo una larga vista de la causa, en el curso del cual se usaban a veces los más diversos métodos sucios. Se supo que eran recortados periódicamente los suministros del agua en Laphoaig. Mackie y Co trataron de adquirir dos veces la propiedad de la destilería.