En 1840 la familia Samuels comenzó a trabajar en el mundo de la destilería del whiskey. T.W. Samuels conocido por ser el alto Sheriff de Nelson County, construyó la primera destilería comercial de la familia donde desarrollaban el secreto de la receta familiar en la elaboración de whiskey que se remontaba a 6 generaciones.
En 1943 Bill Samuels se propuso crear un nuevo concepto de bourbon y abandonó la destilería T.W. Samules y quemó la receta familiar con mas de 170 años de existencia. En 1951 Bill Samuels creó una nueva receta basada en el maiz de la zona y cebada malteada y junto con trigo que crecía durante el apacible invierno. La historia cuenta como dió con la fórmula perfecta de mezcla de cereales experimentando con ellos realizando panes en el horno familiar. Marge Samuels, esposa de Bill, diseñó la botella actual y puso nombre al whisky: como una auténtica coleccionista de piezas de estaño ella siempre había buscado la "Marca del Fabricante" (The mark of the maker) y de ahí bautizó al whisky con su actual nombre. Como gran coleccionista también de Cognac, se inspiró en las botellas de su colección para diseñar el formato actual. En 1958 vió la luz al mercado la primera botella de Maker's Mark.

Cada partida individual esta compuesta por menos de 19 barriles y esta pequeña cantidad significa que sólo se obtiene lo mejor que el whisky puede ofrecer.
El sistema de producción que siguen en Maker's Mark es la continuidad al viejo estilo utilizando el método sour-mash. La fermentación de cada nueva partida se hace utilizando un poco de la partida anterior. El resultado es un producto mas consistente.